حياتها الخاصةفي عام 1997 واعدت إيما بونتون المغني البريطاني الشهير لي برينان، الذي تزوج بعدها من الممثلة ليندسي أرماوو. وفي العام نفسه، كانت قد ارتبطت لفترة قصيرة بالممثل الأميركي ليوناردو دي كابريو، لكن هذه العلاقة لم تكن جدية في الأصل، ولذلك لم تدم.
في عام 1998، بدأت إيما بونتون بمواعدة المغني البريطاني جاد جونز، لكنها انفصلت لأول مرة عنه في أيار/مايو عام 1999، ومن أيلول/سبتمبر عام 1999 إلى أيلول/سبتمبر عام 2000، كانت إيما على علاقة مع لاعب كرة القدم الإنجليزي ريو فرديناند، الذي تعرفت عليه عن طريق اللاعب المعتزل ديفيد بيكهام وزوجته وزميلتها في Spice Girls فيكتوريا بيكهام.
في تشرين الاول/نوفمبر عام 2000 ، عادت إلى جونز لكنهما انفصلا للمرة الثانية في آذار/مارس عام 2002.